Format FASTQ

Format FASTQ merupakan format berbasis teks untuk meyimpan sekuen data biologi (nukleotida) dan nilai kualitasnya. Hal ini berbeda dengan format FASTA yang hany…

Format FASTQ

Format FASTQ merupakan format berbasis teks untuk meyimpan sekuen data biologi (nukleotida) dan nilai kualitasnya. Hal ini berbeda dengan format FASTA yang hanya menuliskan sekuen data biologi. Nilai kualitas dari sekuen ditulis dalam deret ASCII. Format ini pertama kali dikembangkan oleh Wellcome Trust Sanger Institute untuk menyatukan FASTA dan nilai kualitasnya, tetapi saat ini telah digunakan oleh untuk menyimpan hasil sekuensing dari Illumina.[1]

Format

Berkas FASTQ memiliki format sebagai berikut:

  • Baris pertama dimulai dengan simbol @ dan diikuti dengan pengenal sekuen, seperti berkas FASTA pada umumnya.[1]
  • Baris kedua diisi dengan sekuen nukleotida.[1]
  • Baris ketiga dimulai dengan simbol + dan umumnya diisi seperti baris pertama, tetapi ini hanyalah sebuah opsi.[1]
  • Baris keempat diisi dengan kualitas sekuen dari baris kedua.[1]

Referensi

  1. ^ a b c d e (Inggris) Cock et al (2009) The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants. Nucleic Acids Research, DOI:10.1093/nar/gkp1137
Ikon rintisan

Artikel bertopik komputer ini adalah sebuah rintisan. Anda dapat membantu Wikipedia dengan mengembangkannya.

Content Disclaimer

Informasi ini disarikan dari Wikipedia dan disajikan kembali untuk tujuan edukasi. Konten tersedia di bawah lisensi CC BY-SA 3.0. Kami tidak bertanggung jawab atas ketidakakuratan data yang bersumber dari kontribusi publik tersebut.

  1. The information displayed on this website is sourced in part or in whole from Wikipedia and has been adapted for the purpose of restating it. We strive to provide accurate and relevant information, however:
  2. There is no guarantee of absolute accuracy. Wikipedia is an open, collaborative project that can be edited by anyone, so information is subject to change.
  3. It is not intended to constitute professional advice. The content displayed is for informational and educational purposes only. For important decisions (e.g., medical, legal, or financial), please consult a professional.
  4. Content copyright. Wikipedia is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike License (CC BY-SA). This means that content may be reused with appropriate attribution and shared under a similar license.
  5. Responsible use. Any risk arising from the use of information from this website is entirely the responsibility of the user.